移植手术过程中可能会出现技术失误，从而导致移植失败。如果移植手术的技术不当，例如植入的囊胚不放置在正确的位置，或者囊胚的质量不够好，那么即使囊胚植入体内也不会有效的治疗疾病。
移植囊胚的排斥反应也可能导致移植失败。当异体囊胚被植入体内时，机体会发***抗体制造，抗体会攻击植入的异体囊胚，从而导致移植失败。
病人病情的变化也可能导致移植失败。当病人病情加重时，病人体内的免疫系统会变得更加脆弱，抵抗力也会降低，这样一来，机体就会更容易排斥异体囊胚，从而导致移植失败。
药物治疗也可能导致移植的失败。一些抗炎药物会抑制机体免疫系统，从而降低病人对异体囊胚的排斥反应，从而导致移植失败。
