1、受精卵本身有缺陷：一般认为胚胎染色体异常可能是导致生化妊娠的主要原因。怀孕前三个月早期流产中，有超过50%的流产原因是染色体异常。除非是胚胎植入前筛选（俗称第三代试管），否则常规的试管婴儿技术并不能从外观上鉴别出是否染色体异常哦。如果精子和卵子形成了受精卵染色体存在的问题，那么就会非常容易发生试管婴儿生化妊娠。
2、子宫因素：子宫发育不良、子宫内膜菲薄，子宫粘膜下肌瘤、子宫内膜息肉、宫腔粘连、子宫内膜结核等影响着受精卵的着床。由于试管婴儿代价高昂，有发现这些异常子宫因素建议胚胎移植前尽量处理好，为胚胎宝宝提供一个理想的环境。
3、外界因素影响：吸烟（包括吸二手烟）、饮酒、接触化学性毒物、严重的噪声和震动、情绪异常激动、高温环境等，可导致胎盘和胎儿损伤，造成流产。如果孕妇在移植了试管婴儿之后，经常吸烟喝酒，或者是接触了不该接触的化学物质，这样都容易导致胎儿出现问题，容易发生生化妊娠。
4、黄体功能不全：黄体不好，导致黄体酮分泌不足，子宫内膜异常，影响受精卵在子宫内的着床。试管婴儿常规黄体支持，但由于药物吸收等个体差异，是否黄体支持对所有准妈妈都是剂量适中，目前仍不知道哦。黄体酮如果分泌过少，那么就非常容易导致试管婴儿无法正常在子宫内着床，从而出现生化妊娠。
5、疾病病毒：如果女性本身的身体素质不太好，发生了高热、感染等，就会影响受精卵的着床，容易导致受精卵无法正常着床，从而导致生化妊娠。
6、优胜劣汰的自然选择：进化论告诉我们，适者生存，不适者则被淘汰，这就是自然的选择，生物也正是通过遗传、变异和自然选择而不断地进化着、发展着。人类胚胎也遵循着这个规律，大约有70%的胚胎会被最终自然淘汰，有些胚胎没有发育到能着床的阶段就被淘汰了，生化妊娠后妊娠的丢失率约30%（其中不包括临床妊娠流产）。所以说生化妊娠在某种意义上是一种优胜劣汰的自然选择。
7、精神过度紧张：尤其是因未孕而严重的焦虑，心理压力过大。
对于试管婴儿能否避免生化妊娠，刘主任表示试管婴儿是一种特殊的助孕技术，它的原理是将不孕夫妇的精子和卵子在体外受精，继而发育成胚胎后进行宫腔移植。对于不能自然受孕的夫妇，这是一个成功率较高的辅助生育技术。试管婴儿技术可以挑选优质的胚胎，也能通过一定的治疗方式改善母体体内环境，但是毕竟还有50%的生化妊娠属于不明原因，因此，做试管婴儿是无法杜绝生化妊娠的。
