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第三代***选性别***还可以检测出胚胎中的染色体缺失或突变，从而更好地诊断性别相关的遗传病。例如，X染色体的缺失会导致一种叫做“先天性XO染色体缺失综合征”的病症；而Y染色体的突变会导致一种病名为“先天性XY染色体综合征”的病症。
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